Jesienią 1517 roku Tetzel przybył w okolice Wittenbergii sprzedając swoje odpusty. Naruszył on tym boleśnie umiłowaną serdecznie doktrynę Lutra o usprawiedliwieniu przez wiarę i to dało początek protenstanckich reformacji. „Bóg sprawia, że Jego cuda dokonują się w tajemniczy sposób”. Luter w konfesjonale zawsze nalegał na penitentów, by przejawiali pokutę wobec Boga i wiarę w Chrystusa jako warunki uzyskania rozgrzeszenia. Wkrótce jednak przekonał się, że spowiadający się u niego domagali się rozgrzeszenia wyłącznie na podstawie zapłaty uiszczonej Tetzlowi za odpust. Luter odmawiał udzielenia rozgrzeszenia w takich sytuacjach.

W dniu 31 października 1517 roku, Luter przybił swoich 95 tez na drzwiach Kościoła w Wittenberdze, szczególnie jako wyraz protestu przeciwko haniebnemu handlowi odpustami uprawianemu przez Tetzla usiłując położyć temu kres. Treść tez została szybko i szeroko rozpowszechniona, powodując ogromną sensację w całym chrześcijaństwie i rozpoczęcie Reformacji. Papiestwo potępiło je jako heretyckie. Bezwstydny handel Tetzla drażnił Lutra na wskroś i powiódł do zakwestionowania przez niego sprzedaży odpustów. Po jakimś czasie, w wyniku logicznych wniosków opartych na doktrynie o usprawiedliwieniu przez wiarę, cała idea odpustów stała się dla niego odrażająca i całkowicie ją odrzucił jako przeciwną nie zasłużonemu przez grzesznika przebaczeniu Boga na podstawie zasługi Chrystusa otrzymywanej przez wiarę.

Luter w 1519 roku dyskutował z dr Eckiem, szermierzem Rzymu. Kiedy Eck bronił odpustów, jako przeciwieństwa usprawiedliwienia z wiary, i bezwzględnego autorytetu papieża potwierdzonego przez tradycję, Luter odrzucił tradycję jako część źródła i reguły wiary oraz praktyki na rzecz Pisma Świętego, jedynego źródła i reguły wiary oraz praktyki. Niebawem doktryna o usprawiedliwieniu z wiary doprowadziła Lutra do odrzucenia mszy jako sprzecznej z zasługą Chrystusa udzielaną jedynie na podstawie wiary. Papiestwo bowiem naucza, iż śmierć Chrystusa przykrywa jedynie grzech pierworodny, natomiast msza obejmuje wszelkie grzechy żywych i umarłych popełnione po chrzcie. Tak więc usprawiedliwienie przez wiarę jednym uderzeniem Słowa Bożego obaliło całą strukturę mszy. Był to kolejny logiczny krok do zaprzeczenia teorii czyśćca, bo jeżeli zasługa Chrystusa przebacza wszelkie nasze grzechy (1 Jana rozdział 1 werset 7: „Jeżeli zaś chodzimy w światłości, tak jak On jest w światłości, mamy łączność między sobą, a krew Jezusa, Jego Syna, oczyszcza nas z wszelkiego grzechu”), to nie istnieje czyściec, w którym wierzący musi się oczyścić z grzechów.

Zasługi wynikające z poszczenia, modlenia się, pielgrzymowania, udziału w wyprawach krzyżowych, nakładania pokuty, składania ślubów celibatu, ubóstwa, posłuszeństwa kościelnictwu, udzielania jałmużny, fundowania mszy, kościołów i innych papieskich przedsięwzięć, itd., jako środki do uzyskiwania przebaczenia winy i zniesienia kary za grzechy zawiodły w obliczu usprawiedliwienia przez wiarę w zasługę Chrystusa. To doprowadziło Lutra do odrzucenia życia zakonnego. Oczywiście, usprawiedliwienie przez wiarę, było sprzeczne całkowicie z ideą zasługi osób uważanych za świętych jako potrzebnej wierzącym i prowadziło do odrzucenia idei ich wstawiennictwa za nami oraz konieczności modlenia się do nich. W rezultacie wierzący odrzucał ich relikty, malowidła i obrazy, gdyż oceniał charaktery i uczynki rzeczywistych świętych.

Usprawiedliwienie przez wiarę szybko usunęło dziewicę Maryję z jej stanowiska „królowej niebios” i szczególnego pośredniczenia w zbliżeniu się wierzących do Boga i Chrystusa. Odrzuciło myśl o zadowoleniu Boskiej sprawiedliwości przez pokutne uczynki i czyniło niepotrzebnym papieskie kapłaństwo oraz hierarchię w funkcji pośredniczenia między Bogiem i prawdziwymi wierzącymi, słusznie wywyższając Chrystusa jako jedynego Kapłana wstawiającego się do Boga za nimi.

Usprawiedliwienie z wiary zniszczyło papieskie nauki o sakramentach, których zewnętrzne tylko przyjęcie, jak mniemano, miało przynosić łaskę. Obaliło także papieską ideę o kościele i kościele rzymskim jako będącym prawdziwym Kościołem. Słowem, cała papieska instytucja i jej sposoby osiągania życia zostały odrzucone przez tę jedną podstawową biblijną doktrynę. Naprawdę, okazała się ona narzędziem do wyrwania z korzeniami całego papieskiego drzewa! Kiedy patrzymy na ten rezultat, to podziwiamy strategię Boskiej mądrości, która poraziła papiestwo zadając mu śmiertelną ranę tą częścią miecza Ducha, która naucza o usprawiedliwieniu przez wiarę.

W 1520 roku Luter opublikował dwa dzieła, które przyspieszyły rozwój Reformacji: (1) „Do szlachty chrześcijańskiej narodu niemieckiego” i (2) „O babilońskiej niewoli Kościoła”, które spowodowało odpowiedź Henryka VIII, króla Anglii, na co Luter druzgocąco odpowiadał. Jego trzecie dzieło, zatytułowane „Traktat o wolności chrześcijanina”, eksponowało natomiast główną naukę Lutra: usprawiedliwienie przez wiarę.

Krótko potem przybył Eck z bullą papieską potępiającą jako herezję 41 twierdzeń wyjętych z pism Lutra i powiadomił go, aby, w celu uniknięcia ekskomuniki, wyznał i odwołał swoje błędy w ciągu sześćdziesięciu dni. Luter opowiedział spaleniem tej bulli oraz egzemplarza rzymskiej księgi prawa kanonicznego i innych pokrewnych dokumentów jako korzeni wszelkiego zła przed ogółem wykładowców uniwersytetu i studentami oraz społeczeństwem Wittenbergii. W taki sposób Luter zerwał z Rzymem.